Le ricerche applicate includono i suoi studi su:

• favismo, metabolismo del Glutatione e deficienza del Glucosio-6-Fosfato Deidrogenasi;
• citopenie immunologiche indotte da farmaci;
• polimorfismo genetico delle ß-lipoproteine umane e scoperta dell'antigene Ag(y);
• descrizione del sistema Ag in collaborazione con B.S. Blumberg (vincitore del premio Nobel 1976);
• polimorfismo HLA e genetica della popolazione;
• Malattie multifattoriali HLA-associate che includono diabete di tipo 1, artrite reumatoide, spondilite anchilosante, malattia di Basedow, psoriasi volgare,Sarcoma di Kaposi, carcinomi multipli della cute, lichen ruber planus, pemfigo volgare e malattie celiache;
• HLA-G e malattie gestazionali.

Altri studi ricoprono la genetica della malattia di Wilson, il diabete di tipo 2, la sclerosi laterale amiotrofica, variazioni nella popolazione sarda indotte dalla malaria e l'immunogenetica degli organi e del trapianto di midollo osseo.
Il Prof. Contu e il suo team di ricerca sono stati occupati anche nel mappaggio del genoma umano e sullo studio della diversità del genoma.
Insieme ai principali ricercatori mondiali, ha partecipato al progetto Eurogem sul mappaggio del Genoma che ha portato all'identificazione di numerosi marcatori genetici e l'esatta sequenza dei nucleotidi, (precedentemente sconosciuta) di grandi frammenti di DNA. Un gap di 9.1 kb nella mappa del genoma è stato mostrato dal Prof. Contu e dai suoi collaboratori, essere una delezione/inserzione del polimorfismo.
Il Prof. Contu è autore di oltre 500 lavori scientifici pubblicati su riviste internazionali, la maggior parte ricoprenti studi di genetica medica e umana ed ematologia.
In riferimento alle ricerche cliniche del Prof.Contu sono da ricordare i suoi studi sui trapianti di midollo osseo sulla Talassemia, usando primo nel Mondo donatori esterni.